Dopo molto tempo passato a bordo della nave Wonderland, il capitano Alice Kingsleigh torna sulla terra ferma londinese, rigida e ottusa.
Alice, una sempre splendida Mia Wasikowska, lascerà presto la noia del mondo aristocratico per una nuova avventura. Attraverso uno specchio magico, con l'aiuto del Brucaliffo, tornerà dai suoi amici del Sottomondo, questa volta per salvare il Cappellaio Matto (Johnny Depp) e viaggiare nel tempo.
Il sequel di Alice in Wonderland di Tim Burton, qui in veste di produttore, vede la nostra protagonista affrontare una vera e propria odissea spazio-temporale in cui il tempo che viene personificato (Sacha Baron Cohen) sarà il suo nemico-amico da cui trarre insegnamento e a cui insegnare qualcosa. Perché sì, il soggetto prioritario del film di James Bobin è proprio chronos in persona, l'elemento dalla duplice natura, tiranno e prezioso, cinico e amichevole, come risulta proprio il personaggio interpretato brillantemente da Baron Cohen.
Diversamente dal romanzo di Lewis Carroll (Attraverso lo specchio e quel che Alice vi trovò) che gioca tutto sul tema degli scacchi, qui questa tematica viene leggermente sfiorata in favore di una morale più semplicistica, ovvero ciò che si può imparare dal tempo, dagli errori o dalle esperienze del passato. Alice, per salvare il Cappellaio che lentamente si sta lasciando morire, deve recuperare la cronosfera e viaggiare nel tempo per cercare di cambiare alcuni avvenimenti e salvare la famiglia del suo amico. Dopo aver incontrato i compagni del Sottomondo, la Regina Bianca (Anne Hathaway), il Bianconiglio, Pincopanco e Pancopinco, Bayard e così via, la ragazza decide di intraprendere quest'impresa che la porterà di nuovo al cospetto della perfida Regina Rossa, anche in questo episodio interpretata da Helena Bonham Carter.
Alice attraverso lo specchio è film in cui i personaggi di questo mondo fantastico vengono visibilmente umanizzati: l'appiglio è sempre la famiglia. L'ambiente domestico è quel locus (non sempre) amoenus da cui nascono gioie e dolori, cambiamenti e trasformazioni, ma resta in ogni caso un punto verso cui tendere. Persino la Regina Rossa, non del tutto così cattiva, sembra avere un conto in sospeso proprio con ciò che accadde tra le mura domestiche.