Bronx, 1964. Il collegio della parrocchia di St. Nicholas ha al suo centro due forti personalità: Padre Flynn, il parroco, è un innovatore che cerca di sostenere gli allievi più in difficoltà e, in particolare, l'unico studente di colore della scuola, Donald Miller. Il ragazzo è stato iscritto dalla madre, contro il volere del marito violento, per sottrarlo ai pericoli della scuola pubblica. L’altro rigido pilastro della comunità è Sorella Aloysius Beauvier, la superiora dell'ordine, le cui consorelle insegnano nell'istituto. Sorella Aloysius è una strenua conservatrice dell'ordine e del rigore e spaventa a morte tutti gli allievi. Un giorno, però, in seguito ad alcune osservazioni sul comportamento di Donald riferitele dalla più giovane e candida delle suore, Sorella James, comincia a nutrire il dubbio che le attenzioni di Padre Flynn per il ragazzo non siano solo altruistiche. Un'avvertenza: chi non ama il buon vecchio cinema di una volta quello, per capirsi, con bravi attori, sceneggiature di ferro e modi di ripresa convenzionali, è pregato di astenersi. Chi poi dà già per scontato che un film con preti e suore non possa trattare altro che argomenti o stucchevoli o fuori tempo massimo farà bene a fare altrettanto. Oppure decida di assumersi il rischio della visione, perchè potrebbe cambiare opinione. Infatti Il dubbio, pur denunciando la sua origine teatrale, si salva dalle sabbie mobili della trasposizione (considerando che il regista è l'autore della piece) grazie alle prestazioni dei tre protagonisti e a una sceneggiatura che esula (e così facendo se ne avvantaggia) dai richiami all'attualità. Perché la piaga della pedofilia nelle istituzioni religiose non è sicuramente (e purtroppo) circoscritta agli Stati Uniti, ma è lì che è esplosa con maggiore virulenza, al punto di spingere la Chiesa a fare pubblica ammenda. Shanley si dimostra però interessato a tematiche diverse e più complesse e il film non si risolve in una detection sulla colpevolezza o meno di Padre Flynn o sulla forza dei pregiudizi di Sorella Aloysius. Il contrasto e la difficoltà di discernimento stanno altrove. Non a caso, la vicenda ha inizio l'anno successivo all'uccisione di John Fitzgerald Kennedy: il trauma nella società è stato forte, ma nel mondo qualcosa sta mutando per sempre. Lo testimonia la foto del papa morto (Pio XII) che viene utilizzata per vedere il riflesso della classe quando l'insegnante è voltata verso la lavagna, ma che la superiora non ha sostituito con quella del papa del Concilio. Il film non si limita ad affrontare il tema del rinnovamento della Chiesa negli Anni Sessanta, ma va oltre affrontando il nodo della complessità della lettura della realtà. È sufficiente essere progressisti per liberarsi d'ufficio da qualsiasi possibilità di errore? Chi è favorevole alla conservazione ha il diritto di leggere in chiave solo negativa i comportamenti che non si confanno alla norma e si ispirano a un'umanità più vicina agli ultimi? Sono solo alcuni dei quesiti che il film pone, lasciando allo spettatore il compito di dare una risposta sulla base delle proprie convinzioni o (perché no?) dei propri dubbi.